Στη διάρκεια της Πατριαρχίας ξέσπασε η Ελληνική Επανάσταση του 1821, η οποία υπήρξε η κρισιμότερη περίοδος του Πατριαρχείου από την Άλωση της Κωνσταντινούπολης. Είναι γεγονός ότι πολύ πριν του έτους αυτού, οι Φιλικοί πολλές φορές χρησιμοποίησαν το όνομα του Πατριάρχη, όπως και του Τσάρου, ζητώντας έτσι κάποια ηθική συνδρομή αλλά και για το ηθικό των μυημένων. Προκειμένου μάλιστα να αποφύγουν τις υποψίες της Υψηλής Πύλης, διακήρυσσαν ότι οι Πελοποννήσιοι που βρίσκονταν στο Ιάσιο αποφάσισαν να ιδρύσουν στην Πελοπόννησο Μεγάλη Σχολή, για την οποία και ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε΄ είχε αποστείλει πολλές επιστολές προς οποιονδήποτε προύχοντα που θα μπορούσε να συνεισφέρει. Υπό το όνομα όμως της Σχολής οι Φιλικοί εννοούσαν την αναμενόμενη επανάσταση.
Από την αλληλογραφία του Φιλικού Π. Σέκερη, πληροφορούμαστε ότι ο Γρηγόριος συνεργαζόταν με την Εταιρία, αν και δεν είχε ορκισθεί (Τ. Γριτσόπουλος Γρηγόριος ο Ε΄ ΘΗΕ τ. 4, 1964, στ. 739).
8. Είχε μάλιστα μεταξύ τών Φιλικών, και το συνθηματικό προσωνύμιο: «παλαιότερος». Υπήρχε επίσης το λεγόμενο «κιβώτιο του ελέους», με σκοπό να συγκεντρώνει χρήματα για τον Αγώνα του Έθνους, κατά τη μαρτυρία τού Ι. Φιλήμονα (Τ. Γριτσόπουλος Γρηγόριος ο Ε΄ ΘΗΕ τ.4, 1964, στ. 739).
9. Τα ίδια παραδέχονται ο Α. Παπάς σε σχετική επιστολή του και ο Α. Λασκαράτος σε επιστολή του, το 1872, προς τον Α. Βαλαωρίτη, στην οποία προβάλλει το ακούσιο της πατριαρχικής ενέργειας και την πρόθεση διαφύλαξης της ζωής των πολιτών.
10. Άλλωστε, η θυσία τού Πατριάρχη, και η κατηγορία τών Τούρκων ότι δρούσε κρυφά υπέρ τής Επανάστασης, δεν ήταν δυνατόν να παραθεωρηθούν (Τ. Γριτσόπουλος, Γρηγόριος Ε΄ «Μνημόσυνη», Σ΄ 1976 – 1977, σ. 299 – 332).
11. Πέρα από κάθε αμφιβολία, «το σχοινί του Πατριάρχη» εμψύχωσε και ώθησε το επαναστατικό κίνημα στην Ελλάδα
Τον Απρίλιο του 1820 τον Πατριάρχη Γρηγόριο Ε΄ επισκέφθηκε στην Κωνσταντινούπολη ο διερχόμενος από εκεί για την Αγία Πετρούπολη Ιωάννης Παπαρρηγόπουλος , ο οποίος και του επέδωσε επιστολή του Παλαιών Πατρών Γερμανού που ρωτούσε «Τι πρέπει να κάμουν και πως πρέπει να φερθούν». Ο Γρηγόριος φέρεται να είπε στον κομιστή «Περιττόν να μας ζητούν συμβουλή δια πράγματα τα οποία γνωρίζουν. Χρεωστούμεν να ποιμαίνωμεν καλώς τα ποίμνιά μας και χρείας τυχούσης να κάμωμε όπως έκαμεν ο Ιησούς δι΄ ημάς δια να μας σώσει». Παράλληλα έδωσε και επιστολή προς τον πρίγκιπα Αλέξανδρο Υψηλάντη στην οποία επαναλάμβανε τη λέξη «φρόνησις, φρόνησις, φρόνησις». Σε άλλη δε επιστολή προς Ιωάννη Ζωσιμά έγραφε «βοήθεια, βοήθεια, βοήθεια». Αμφότεροι όμως, έχοντας παρεξηγήσει τις λέξεις, διαμήνυσαν δια του Παπαρρηγόπουλου που επανέκαμψε στην Πόλη, ο μεν Υψηλάντης ότι υπάρχει έτοιμο πλοίο για να μεταφέρει τον Πατριάρχη στην Οδησσό ή Πελοπόννησο, ο δε Ζωσιμάς ότι αποστέλλει χρήματα για την φυγή του Πατριάρχη. Τότε ο Γρηγόριος εξήγησε ότι με τις συνθηματικές λέξεις ήθελε να επιστήσει την προσοχή των Φιλικών, για δε τα χρήματα του Ζωσιμά θα δοθούν στον Αγώνα, όσο για το πλοίο μόνο νεκρόν θα μπορούσε να τον μεταφέρει αλλού.
Ευάγγελος Μαζαράκης: Πολιτισμολόγος- MSc Θεολογίας
Θα μπορούσε όμως να είχε φύγει, όπως τον παρακάλεσε και ο Παπαρρηγόπουλος. Μάλιστα όταν ο Παπαρρηγόπουλος τον ενημέρωσε ότι πολύ σύντομα θα ξεσπούσε η επανάσταση, ο πατριάρχης φέρεται να δήλωσε ότι ήταν φρονιμότερο να περιμένουν ένα ρωσοτουρκικό πόλεμο προσθέτοντας «Λυπούμαι, μήπως η πατρίς πάθει όσα έπαθε και άλλοτε».
Κατά τον Πατριάρχη, η επανάσταση έπρεπε να ξεκινούσε αργότερα μετά Σε επιστολή του προς τον επίσκοπο Σαλώνων Ησαΐα της 28ης Δεκεμβρίου 1820, ο Γρηγόριος Ε΄ έγραφε: «…Κρυφά υπερασπίζου αυτόν (σσ. Η του Παπανδρέου πράξις πατριωτική), εν φανερόν δε άγνοια υποκρίνου, έστι δε ότε και επίκρινε τοις θεοσεβέσι αδελφοίς και αλλοφύλοις ιδία. Πράυνον βεζύρην λόγοις και υποσχέσεσιν αλλά μη παραδοθήτω εις λέοντος στόμα. Άσπασον συν ταις εμαίς ευχαίς τους ανδρείους αδελφούς, προτρέπον εις κρυψίνοιαν δια τον φόβον των Ιουδαίων ». (Σταματόπουλος 1979, σελ.
Επιστολή του Γρηγορίου Ε´με την οποία αποκηρύσσεται η εξέγερση και αφορίζεται ο Αλέξανδρος Υψηλάντης
Μετά την εκδήλωση της επανάστασης του Υψηλάντη στη Βλαχία, άρχισαν μαζικές διώξεις κατά των χριστιανών της Κωνσταντινούπολης, με σφαγές και φυλακίσεις. Μεταξύ των άλλων φυλακίστηκαν ή εκτελέστηκαν πολλοί επίσκοποι, όπως ο Εφέσου Διονύσιος Καλλιάρχης, ο οποίος απαγχονίστηκε πρώτος «κατά την οδόν ιχθυοπωλείου (Μπαλούκ-παζάρ )»,φυλακίστηκαν οι Νικομηδείας Αθανάσιος και Δέρκων Γρηγόριος, ο Αγχιάλου Ευγένιος, ενώ ο Σουλτάνος διέτασε τον Πατριάρχη να στείλει και άλλους για φυλάκιση. Μέσα σε αυτές τις συνθήκες («υπό την δαμόκλειαν σπάθην την κρεμαμένην … επί της κεφαλής του ελληνικού πληθυσμού της Κωνσταντινουπόλεως») ο Πατριάρχης, επικεφαλής συνόδου αρχιερέων και λαϊκών, αναγκάστηκαν να εκδώσουν δύο αφορισμούς. (Panteleymon Anastasakis, The Church of Greece Under Axis Occupation, Fordham University Press, 2015, σ. 21, 256 σημ. 31)
Αυτοί υπογράφονται από 21 αρχιερείς του Πατριαρχείου, αλλά στην σύνοδο που έλαβε την απόφαση συμμετείχαν και λαϊκοί προύχοντες της Κωνσταντινούπολης, όπως ο πρώην ηγεμόνας της Βλαχίας Σκαρλάτος Καλλιμάχης, ο μεγάλος διερμηνέας της Πύλης Κων. Μουρούζης, ο αδελφός του, διερμηνέας του στόλου Νικ. Μουρούζης, ηγέτες των συντεχνιών κ.ά., συνολικώς 72 άτομα. Οι μεν λαϊκοί αποφάσισαν να υποβάλουν αναφορά αποκήρυξης της επανάστασης και δήλωση υποταγής με αναφορές στην «συνήθη καλοκαγαθία του σουλτάνου», οι δε ιερωμένοι να συνθέσουν την πράξη αφορισμού[15]. ( Φιλήμων, τ. Β’, σ. 112)
Οι οθωμανικές αρχές, αφού επέβαλαν στον Πατριάρχη την έκδοση των εν λόγω αφορισμών, είχαν τοποθετήσει στο περιβάλλον του Τουρκοκρητικούς που γνώριζαν την ελληνική γλώσσα ώστε να παρακολουθούν τις εργασίες των συνόδων και τα κείμενα. Φαίνεται ότι ο πρώτος αφορισμός που περιοριζόταν στην επαρχία της Ουγγροβλαχίας δεν ικανοποιούσε τον Σουλτάνο και τον σεϊχουλισλάμ, οι οποίοι επέβαλαν και δεύτερο αφορισμό που να περιλαμβάνει όλους τους χριστιανούς της Αυτοκρατορίας. Εκτιμάται ότι ο δεύτερος αυτός αφορισμός εκδόθηκε την Κυριακή 27 Μαρτίου. Εξέταση του κειμένου του δεύτερου αφορισμού αποδεικνύει ότι έγινε προσπάθεια ώστε το δεύτερο κείμενο να είναι διπλωματικό και να αφήνει κενά ως προς την θεολογική ερμηνεία του. Για παράδειγμα, δεν επαναλαμβάνει τις κατάρες του πρώτου, και ενώ στον πρώτο αφορισμό αναφέρεται «αφωρισμένοι υπάρχουσι», στο δεύτερο η έγκλιση γίνεται ευκτική μέλλοντος «αφωρισμένοι υπάρχοιεν ». (Γεωργαντζής 1988, σελ. 43)
Ο πρώτος αφορισμός αναφέρει ότι «Ὑπεγράφη συνοδικῶς ἐπὶ τῆς ἁγίας Τραπέζης[»( Sanctorum Conciliorum nova et emplissima collectio, εκδ. Joannes Mansi, Παρίσι, 1901, XL, σελ. 151-154)
Ο ίδιος ο Υψηλάντης, έχοντας προβλέψει το ενδεχόμενο, καθησύχαζε με επιστολή του της 29ης Ιανουαρίου τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη ότι «ο μεν Πατριάρχης βιαζόμενος παρά της Πόρτας σας στέλλει αφοριστικά και εξάρχους παρακινώντας σας να ενωθήτε με την Πόρτα, εσείς όμως να τα θεωρείτε ταύτα ως άκυρα, καθότι γίνονται με βία και δυναστείαν και άνευ θελήσεως του πατριάρχου (Κανδηλώρος, Τάκης (1909). Ιστορία του εθνομάρτυρος Γρηγορίου Ε΄. σελ. 40.)
Γενικώς οι απόψεις και οι κρίσεις που διατυπώθηκαν για το θέμα, κατατάσσονται σε 4 κατηγορίες. Η πρώτη υποστηρίζει ότι πρόκειται για πραγματικό αφορισμό και είναι προϊόν συνειδητής τουρκόφιλης και αντεπαναστατικής θέσης του Πατριάρχη και των λοιπών συνοδικών. Υποστηρικτές αυτής της άποψης είναι κυρίως οι Γ. Κορδάτος και Γ. Καρανικόλας και διάφοροι μαρξιστές .
Η δεύτερη άποψη δέχεται ότι ο αφορισμός είναι πραγματικός (δηλ. έγκυρος) αλλά έγινε υπό την απειλή βίας. Αυτή υποστηρίζεται από αγωνιστές της Επανάστασης και μεταγενέστερους ιστορικούς. Για παράδειγμα, ο Αναστ. Εμμ. Παπάς σε επιστολή του προς τον αδελφό του Αθανάσιο, την 18 Απριλίου 1821 γράφει «Οι εξορκισμοί δεν έχουν πέραση, διότι είναι φτιαγμένοι κατά διαταγήν του Σουλτάνου » .(Δεσποτόπουλος, Αλέξανδρος (1977). «Η Επανάσταση στη Μολδοβλαχία». Στο: Δεσποτόπουλος, Αλέξανδρος. Η Ελληνική Επανάσταση και η δημιουργία του Ελληνικού κράτους (1821-1832). Τόμος ΙΒ’. Ιστορία του Ελληνικού Έθνους. Εκδοτική Αθηνών. σελ. 36. & Γ. Λάιος, Ανέκδοτες επιστολές και έγγραφα 1821, Αθήνα 1958, σ. 93
Το ίδιο υποστηρίζουν οι Ι. Φιλήμων, Τ. Γκόρντον, Μ. Οικονόμου, Τζ. Φίνλεϋ, Απ. Βακαλόπουλος και άλλοι( Γεωργαντζής 1988, σελ. 34)
Ο Πρέσβης της Ρωσίας στην Κωνσταντινούπολη το 1821 Μιχαήλ Στρόγονωφ δήλωσε, ότι η Υψηλή Πύλη του είπε πως «είχε το δικαίωμα και την δύναμιν να εξολοθρεύση άπαν το Ελληνικόν έθνος, αλλά αντί τούτου, μακροθύμως φερόμενη διέταξε τον Πατριάρχην να καταπνίξη την επανάστασιν δι’ αφορισμού» (Μ.Ε.Ε. τομ. Η΄ σελ.725) Το ίδιο αναφέρει και ο Ζαχ. Μαθάς στο βιβλίο του «Κατάλογος ιστορικός»
Η τρίτη άποψη δέχεται επίσης ότι ο αφορισμός είναι πραγματικός, αλλά ανακλήθηκε λίγο αργότερα. Την παράδοση αυτή αναφέρουν ο Ι. Φιλήμων, ο Σπηλιάδης, ο Γ. Πιλάβιος στη βιογραφία του Γρηγορίου (1872), ο Μ. Οικονόμου και νεώτεροι μελετητές. Σύμφωνα με αυτή, ο αφορισμός ανακλήθηκε σε μυστική τελετή το ίδιο βράδυ ή τη Μ. Δευτέρα ή τη Μ. Παρασκευή. Κατά την τέταρτη άποψη ο αφορισμός είναι «οικονομικός» (εισαγωγικά συγγραφέα) ή εικονικός, προς το θεαθήναι και όχι πραγματικός. Αυτή η εκδοχή υποστηρίζεται από τον Ι. Φιλήμονα, Ι. Χατζηφώτη και άλλους( Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, τ. ΙΒ’, σ. 36)
Σύμφωνα με τον Τάκη Κανδηλώρο, βιογράφο του Πατριάρχη, ο Γρηγόριος «ως αντιπρόσωπος του Χριστού ουδέποτε έπρεπεν να υπογράψει έγγραφον εις το οποίον δεν επίστευεν. Αλλ’ ως αρχηγός κινδυνεύοντος έθνους ώφειλε να στέρξει μέτρον, όπερ έστω και προσωρινώς έσωζε τους ανίσχυρους και εμπεπιστευμένους αυτώ πληθυσμούς εκ της σφαγής» και έδρασε εκβιαζόμενος.. (Γεωργαντζής 1988, σελ. 35-41)
Εν τω μεταξύ ο Σουλτάνος, υπό την πίεση ακραίων μουσουλμανικών διαδηλώσεων κατά των Ελλήνων, ζήτησε από τον Σεϊχουλισλάμη Χατζή Χαλίλ να εκδώσει διαταγή (φετouά) σχετικά με τη γενική σφαγή των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης. Ο Χατζή Χαλίλ, ύστερα από διαβουλεύσεις με τον Γρηγόριο, ο οποίος του ξεκαθάρισε πως ο ίδιος και το Γένος ήταν αμέτοχοι στην επανάσταση, και βασιζόμενος σε ένα εδάφιο του Κορανίου, αρνήθηκε να εκδώσει τη φετφά τoυ Σουλτάνου[(Κόκκινος Διονύσιος, Νεώτερον Εγκυκλοπαιδικόν Λεξικόν “Ήλιος”, τ. 7, σ. 346) ο ο ποίος εξοργισμένος τον τιμώρησε με θάνατο και θεώρησε υπεύθυνο και τον Γρηγόριο Ε’.
Σύμφωνα με τον πανηγυρικό που εκφώνησε για τον Πατριάρχη το 1853 ο Γεώργιος Τερτσέτης, , ο Γρηγόριος Ε’ απέρριψε προτάσεις υπαλλήλων ξένων πρεσβειών να εγκαταλείψει την Κωνσταντινούπολη λέγοντας: «Μη με προτρέπετε εις φυγήν, μάχαιρα θα διέλθη τας ρύμας της Κωνσταντινουπόλεως και των λοιπών πόλεων των χριστιανικών επαρχιών. Υμείς επιθυμείτε, εγώ μετημφιεσμένος να καταφύγω…ουχί! Εγώ δια τούτω είμαι πατριάρχης, όπως σώσω το έθνος μου…ο θάνατός μου ίσως επιφέρει μεγαλυτέραν οφέλειαν από την ζωή μου…Ναι, ας μη γίνω χλεύασμα των ζώντων. Δε θα ανεχτώ ώστε εις τα οδούς της Οδησσού, της Κέρκυρας και της Αγκώνος, διερχόμενον εν μέσω των αγύιων, να με δακτυλοδεικτούσι λέγοντες, Ιδού έρχεται ο φονεύς πατριάρχης».( Γενικά Αρχεία του Κράτους, Ιστορικά Αρχεία Γιάννη Βλαχογιάννη, Αρχείον Ρήγα Παλαμήδη, Επαναστατικά 1820-1821, Φ. 250, έγγραφο 4).
Στο πνεύμα της στρατηγικής που χαράχθηκε από τη Φιλική Εταιρεία κινήθηκε και ο ίδιος ο Πατριάρχης στις κατ’ ιδίαν επαφές του με διάφορους επισκόπους, στους οποίους περνούσε ανάλογα μηνύματα. Σε μία από τις επιστολές του, με ημερομηνία 20 Δεκεμβρίου 1820, προς τον Επίσκοπο Σαλώνων Ησαΐα, που έπεσε μαχόμενος με τον Αθανάσιο Διάκο στον Σπερχειό, γράφει χαρακτηριστικά ο Γρηγόριος ο Ε’: «Κρυφά υπερασπίζου, φανερώ δε άγνοιαν υποκρίνου. Ιδία πράυνον τον Βεζύρην λόγοις και υποσχέσεσιν, αλλά μη παραδοθήτω εις λέοντος στόμα» (βλ. Δ. Παπαδήμου, «Ησαΐας, ο Επίσκοπος Σαλώνων και η Μονή του Οσίου Λουκά», Αθήνα 1969, σ. 26).
Αναλόγου περιεχομένου επιστολές είχε στείλει ο Γρηγόριος ο Ε’ και σε άλλους επισκόπους, όπως ήταν ο Επίσκοπος Ρωγών και Κοζύλης Ιωσήφ, που έπεσε μαχόμενος στο Μεσολόγγι με τους Ελεύθερους Πολιορκημένους.
Όταν λοιπόν εξερράγη η Επανάσταση, περίμενε ο σουλτάνος να «δρέψει» τους καρπούς του σχετικού αφορισμού. Αντί όμως να σβήνει σιγά-σιγά η φωτιά του Αγώνα, όπως ήταν αναμενόμενο, φούντωνε όλο και πιο πολύ. Αυτό έβαλε σε σκέψεις τον σουλτάνο, ο οποίος, καθ’ υπόδειξη των συμβούλων του, αποφάσισε να ασχοληθεί λεπτομερέστερα με το ζήτημα, για να βρει την εξήγηση του φαινομένου. Έτσι, ενώ ο Πατριάρχης απουσίαζε στον πατριαρχικό ναό, για να συμμετάσχει στη Λειτουργία της Αναστάσεως, έστειλε ανθρώπους του ο σουλτάνος να ερευνήσουν όλα τα προσωπικά του αρχεία στο Πατριαρχείο. Τα στοιχεία που βρέθηκαν ήσαν αποκαλυπτικά του εμπαιγμού του σουλτάνου από τον Πατριάρχη, αφού ανάμεσα σε αυτά ήσαν πολλές επιστολές του Γρηγορίου του Ε’ όπως εκείνες που αναφέρθηκαν πιο πάνω.
- Μετά την εκτέλεση του Πατριάρχη : Ο Βρετανός πρεσβευτής επέλεξε να ακολουθήσει τη γραμμή της εμπιστοσύνης στην Πύλη και ισχυριζόμενος ότι επρόκειτο για εσωτερικό θέμα της αυτοκρατορίας, επέλεξε να μην εξετάσει επιστολές του Πατριάρχη προς μητροπολίτες της Πελοποννήσου τις οποίες η Πύλη παρουσίαζε ως απόδειξη της ανάμιξης του Γρηγορίου στη εξέγερση.
- Ο Ρώσος πρέσβης στην Κωνσταντινούπολη βαρώνος Στρογγάνωφ διαμαρτυρήθηκε στο όνομα των Χριστιανών υπηκόων του Σουλτάνου, οι οποίοι σύμφωνα με τη συνθήκη του Κιουτσούκ Καϊναρτζή βρίσκονταν υπό την προστασία του αυτοκράτορα της Ρωσίας, ότι η Πύλη μετέτρεπε τον πόλεμο σε θρησκευτικό, αλλά και για το εμπάργκο στα σιτοφόρα πλοία που έπληττε το εμπόριο στα στενά και απείλησε με αποχώρηση από την Πόλη
Μετά τη λειτουργία του Πάσχα (10 Απριλίου 1821) ο Γρηγόριος συνελήφθη, κηρύχθηκε έκπτωτος και φυλακίστηκε. Το απόγευμα της ίδιας μέρας απαγχονίστηκε στην κεντρική πύλη του Πατριαρχείου, όπου παρέμεινε κρεμασμένος για τρεις ημέρες, εξευτελιζόμενος από τον όχλο.
Η κεντρική πύλη του Πατριαρχείου, όπου απαγχονίστηκε ο Γρηγόριος Ε΄, η οποία παραμένει κλειστή ως σήμερα
Το σκήνωμα του Πατριάρχη Γρηγορίου του Ε’ ρίχνεται από τους Εβραίους στον Κεράτιο Κόλπο. Πίνακας του Peter von Hess.
Κατόπιν, μια ομάδα τριών Εβραίων αγόρασαν το πτώμα του, το περιέφεραν στους δρόμους και το έριξαν στον Κεράτιο κόλπο. Τα ονόματα των τριών αυτών Εβραίων ήταν Μουτάλ, Μπιταχί και Λεβύ[34]. Τη σκηνή της περιφοράς του σκηνώματος από τους τρεις Εβραίους έχει αποδώσει παραστατικά σε πίνακά του ο Γερμανός ζωγράφος Πέτερ φον Ες. Ένας Κεφαλονίτης πλοίαρχος, ονόματι Νικόλαος Σκλάβος, βρήκε το σκήνωμα και το μετέφερε στην Οδησσό, όπου και ετάφη[β] στον ελληνικό ναό της Αγίας Τριάδος. Το συγκλονιστικό επικήδειο λόγο εκφώνησε ο ιεροκύρηκας Κωνσταντίνος Οικονόμος, λόγος που μεταφράστηκε άμεσα στα Ρωσικά, καθαρογράφηκε και προκάλεσε αίσθηση στη ρωσική πρωτεύουσα Αγία Πετρούπολη.
Μετά την εκτέλεση του Πατριάρχη : Ο Βρετανός πρεσβευτής επέλεξε να ακολουθήσει τη γραμμή της εμπιστοσύνης στην Πύλη και ισχυριζόμενος ότι επρόκειτο για εσωτερικό θέμα της αυτοκρατορίας, επέλεξε να μην εξετάσει επιστολές του Πατριάρχη προς μητροπολίτες της Πελοποννήσου τις οποίες η Πύλη παρουσίαζε ως απόδειξη της ανάμιξης του Γρηγορίου στη εξέγερση.
Ο Ρώσος πρέσβης στην Κωνσταντινούπολη διαμαρτυρήθηκε στο όνομα των Χριστιανών υπηκόων του Σουλτάνου, οι οποίοι σύμφωνα με τη συνθήκη του Κιουτσούκ Καϊναρτζή βρίσκονταν υπό την προστασία του αυτοκράτορα της Ρωσίας, ότι η Πύλη μετέτρεπε τον πόλεμο σε θρησκευτικό, αλλά και για το εμπάργκο στα σιτοφόρα πλοία που έπληττε το εμπόριο στα στενά και απείλησε με αποχώρηση από την Πόλη
Το μαρτύριο των αρχιερέων
Την ίδια ημέρα – 10 Απριλίου – μετά τον απαγχονισμό του Γρηγορίου Ε΄, στο πλαίσιο των σουλτανικών αντιποίνων, οι μητροπολίτες Αγχιάλου Ευγένιος, Εφέσου Διονύσιος, Νικομήδειας Αθανάσιος, Δέρκων Γρηγόριος, Θεσσαλονίκης Ιωσήφ, Αδριανουπόλεως Δωρόθεος, Τυρνόβου Ιωαννίκιος συνελήφθησαν από τις οθωμανικές αρχές και φυλακίσθηκαν στις φυλακές του Μποσταντζή της Κωνσταντινούπολης. Ακολούθως ο Αγχιάλου Ευγένιος μεταφέρθηκε στην Πύλη του Γαλατά δίπλα στην ομώνυμη γέφυρα και οι Νικομήδειας Αθανάσιος και Εφέσου Διονύσιος σε άλλα σημεία της πόλης, όπου και απαγχονίστηκαν. Στο στήθος τους τοποθετήθηκε επιγραφή που τους χαρακτήριζε προδότες και αποστάτες. Τα σώματά τους παρέμειναν κρεμασμένα επί τριήμερο, μετά την αποκαθήλωσή τους, αφού σύρθηκαν και διαπομπεύθηκαν ατιμωτικά στους δρόμους της πόλης από τουρκικό όχλο αλλά και Εβραίους στη συνέχεια ρίχτηκαν στη θάλασσα. Λίγες ημέρες μετά ανασύρθηκαν από κάποιους ευσεβείς Χριστιανούς όπου και τάφηκαν κάποια στο Επταπύργιο και άλλα σε κοντινό νησί απροσδιόριστου σημείου, Ακολούθησαν, στις 3 Ιουνίου 1821, οι απαγχονισμοί των υπόλοιπων φυλακισμένων μητροπολιτών σε διαφορετικά σημεία της Κωνσταντινούπολης: του μητροπολίτη Τυρνόβου Ιωαννικίου στο Αρναούτκιοϊ, του μητροπολίτη Αδριανουπόλεως Δωροθέου στο Μέγα Ρεύμα, του μητροπολίτη Θεσσαλονίκης Ιωσήφ στο Νεοχώρι και τέλος του μητροπολίτη Δέρκων Γρηγορίου στα Θεραπειά
Το 1871 τα λείψανα του Γρηγορίου μεταφέρθηκαν από την Οδησσό στην Αθήνα και εναποτέθηκαν σε μαρμάρινη λάρνακα που βρίσκεται μέχρι και σήμερα στη Μητρόπολη Αθηνών. Στην οπίσθια όψη της λάρνακας υπάρχει η επιγραφή:
ΗΔΕ ΚΕΧΑΝΔΕ ΝΕΚΥΝ ΠΑΤΡΙΑΡΧΟΥ ΓΡΗΓΟΡΙΟΙΟ
ΛΑΡΝΑΞ, ΟΝ Τ ΑΣΕΒΕΙΣ ΧΕΙΡΕΣ ΑΠΗΓΧΟΝΙΣΑΝ
ΒΟΣΠΟΡΙΟΝ Τ ΕΙΣ ΟΙΔΜΑ ΒΑΛΟΝ, ΚΕΙΘΕΝ Δ ΟΜΟΦΥΛΩΝ
ΝΗΥΣ ΚΟΜΙΣ ΕΙΣ ΑΚΤΑΣ ΤΗΛΕ ΒΟΡΥΣΘΕΝΙΔΑΣ.
ΝΥΝ Δ ΑΥΤ ΕΚ ΠΟΝΤΟΥ ΧΘΟΝ ΕΣ ΕΛΛΑΔΑ ΒΟΥΛΗΙ ΑΝΑΧΘΕΙΣ
ΕΛΛΗΝΩΝ, ΛΑΩΙ ΚΕΙΤΑΙ ΑΠΑΝΤΙ ΣΕΒΑΣ.
Τον επόμενο χρόνο, το 1872, με δαπάνη του Γεωργίου Αβέρωφ, ο γλύπτης Γεράσιμος Φυτάλης φιλοτέχνησε ανδριάντα του, ο οποίος τοποθετήθηκε δεξιά της εισόδου του Πανεπιστημίου Αθηνών. Η συμπερίληψη του Πατριάρχη στο πάνθεον των ηρώων της Επανάστασης συνδεόταν με την ταύτιση Ελληνισμού και Ορθοδοξίας, το αίτημα για εθνική ενότητα και την αλυτρωτική διάθεση της εποχής Στις 8 Απριλίου 1921 αγιοκατατάχθηκε επίσημα από την Εκκλησία της Ελλάδος.
