Στο νέο Μουσείο – Αρχαιολογική Συλλογή Σάμης εκτίθενται από την Εφορία Αρχαιοτήτων Κεφαλληνίας και Ιθάκης με τρόπο που ανταποκρίνεται στις ανάγκες του σύγχρονου επισκέπτη, ευρήματα που αφηγούνται την Ιστορία της Σάμης, της Κεφαλονιάς και των κατοίκων της από την Νεολιθική εποχή μέχρι τους Ρωμαϊκούς χρόνους. Η έκθεση συμπληρώνεται με πλούσιο πληροφοριακό υλικό. Και στον εξωτερικό χώρο εκτίθενται ορισμένα από τα θαυμάσια ψηφιδωτά που έχουν βρεθεί στην πόλη της Σάμης.