Πολυάριθμα μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών σε ένα ευρύ φάσμα επιστημονικών πεδίων εντάσσει το Ιόνιο Πανεπιστήμιο στο νέο ακαδημαϊκό έτος και συγκεκριμένα από τις παρακάτω πέντε Σχολές του:

 Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών 

• Ιστορία και Τεκμηρίωση https://history.ionio.gr/postgraduate/documentation/
• Μεθοδολογία Κριτικής και Έκδοσης Ιστορικών & Αρχειακών Πηγών https://history.ionio.gr/postgraduate/methodology/
• Ιστορική Έρευνα, Διδακτική & Νέες Τεχνολογίες https://history.ionio.gr/postgraduate/hdnt/
• Επιστήμη της Μετάφρασης https://dflti.ionio.gr/sot/
• Πολιτική, Γλώσσα & Διαπολιτισμική Επικοινωνία https://dflti.ionio.gr/polico/

   Σχολή Επιστήμης της Πληροφορίας και Πληροφορικής

• Διαχείριση & Ανάδειξη Πολιτιστικής Πληροφορίας https://ilam.ionio.gr/motif/
• Διαχείριση Ψηφιακής Πληροφορίας – Υπηρεσίες Πληροφόρησης http://dimis.ilam.ionio.gr/pms-dimis/
• Ψηφιακές εφαρμογές και Καινοτομία https://di.ionio.gr/pmsdigappinnov/  
• Ψηφιακές Υπηρεσίες Υγείας και Αναλυτική https://di.ionio.gr/mschealth/
• Βιοπληροφορική & Νευροπληροφορική https://di.ionio.gr/gr/studies/postgraduate-studies/bioinformatics-and-neuroinformatics/
• Νέα Μέσα Επικοινωνίας & Ψηφιακό Μάρκετινγκ https://dmc.ionio.gr/nmc/

 Σχολή Μουσικής & Οπτικοακουστικών Τεχνών

• Οπτικοακουστικές Τέχνες https://avarts.ionio.gr/ada
• Τέχνες & Τεχνολογίες του Ήχου https://music.ionio.gr/sonarts/
• Μουσική Παιδαγωγική https://music.ionio.gr/pedagogy/

     Σχολή Περιβάλλοντος

• Νέες Τεχνολογίες για την Περιβαλλοντική Εκπαίδευση & την Βιώσιμη Ανάπτυξη https://envi.ionio.gr/n-tees/
• Διατήρηση & Διαχείριση Πολιτισμικής Κληρονομιάς https://envi.ionio.gr/preserv-ch/

Σχολή Οικονομικών Επιστημών

• Ψηφιακές Τεχνολογίες στη Διοίκηση Φιλοξενίας & τον Τουρισμό https://tourism.ionio.gr/ditour/

Το Ιόνιο Πανεπιστήμιο παρέχει στους μεταπτυχιακούς φοιτητές:

• Μονοτμηματικά, διατμηματικά και διιδρυματικά προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών, με μοναδικά χαρακτηριστικά σε ένα ευρύ φάσμα αντικειμένου σπουδών – ανθρωπιστικές επιστήμες, τέχνες, τεχνολογία
• Διδακτορικές και μεταδιδακτορικές σπουδές
• Συνεργασία με αναγνωρισμένα Ιδρύματα του εξωτερικού
• Συνεχή αναμόρφωση με βάση τις απαιτήσεις της σύγχρονης αγοράς εργασίας
• Πρωτοπόρα ερευνητικά εργαστήρια με διαρκή επένδυση στην έρευνα – βασική και εφαρμοσμένη
• Φιλικές δομές και υπηρεσίες υποστήριξης φοιτητών