Είναι ο καθηγητής εκείνος που συνέβαλε στην ίδρυση του τμήματος Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αθηνών, το 1982, και εξελέγη πρόεδρός του.
Εδώ και χρόνια ο κ. Μεταξάς ασχολείται ερευνητικά με τις παραδρομές θεωρήσεις της πολιτικής ζωής, και έχει αποτυπώσει σε δημοσιεύματα και βιβλία τα αποτελέσματα των ερευνητικών του διαδρομών.
Μέσα από τα βιβλία, τα άρθρα του και τις «Επιφυλλίδες» του στην εφημερίδα «Το Βήμα», εστιάζει στο φαινόμενο της μετάθεσης της εξουσίας από τις θεσμικές σε άτυπες μορφές.
Το 2010 ανακηρύχθηκε Επίτιμος Διδάκτωρ του Πανεπιστημίου της Κρήτης στο πλαίσιο του Διεθνούς Συνεδρίου που οργανώθηκε με θέμα: «Πολιτική Επιστήμη – Σύγχρονα διακυβεύματα και η συμβολή του Α – Ι.Δ. Μεταξά».Το 2012 είχε αναγορευτεί επίτιμος καθηγητής του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου.
Παράλληλα, είναι τακτικό μέλος της «Ανεξάρτητης Αρχής Προστασίας Δεδομένων Προσωπικού Χαρακτήρα», εκπρόσωπός της στην Εθνική Επιτροπή για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου καθώς και μέλος των Διοικητικών Συμβουλίων του «Ιδρύματος Θεμιστοκλή και Δημήτρη Τσάτσου» και του «Κοινωφελούς Ιδρύματος Αλέξανδρος Σ. Ωνάσης».
Ακόμη, εκπροσωπεί το Συμβούλιο της Ευρώπης στις Μόνιμες Συνδιασκέψεις στη Σιένα και στο Παρίσι, είναι διευθυντής του Ευρωπαϊκού Λεξικού Πολιτικής Επικοινωνίας και της σειράς «Βιβλιοθήκη Πολιτικής Επικοινωνίας», ενώ έχει διατελέσει Πρόεδρος του ΔΣ της ΕΡΤ, της Ελληνικής Εταιρείας Πολιτικής Επιστήμης και του Εθνικού Κέντρου Κοινωνικών Ερευνών (ΕΚΚΕ).
Έχει διατελέσει προσκεκλημένος καθηγητής της «Ecole Doctorale» του Πανεπιστημίου του Στρασβούργου, του Πανεπιστήμιου της Βουδαπέστης και του Πανεπιστήμιου της Aix – en – Provence.
Έχει συνεργαστεί ως τακτικός επιφυλλιδογράφος με «Το Βήμα» και την «Καθημερινή» και ως υπεύθυνος ύλης της στήλης «Επί του θέματος» στην εφημερίδα «Ο Κόσμος του Επενδυτή».
«Τέχνη και Εξουσία», «Η υφαρπαγή των μορφών: από την πολιτική ομιλία του κλασικισμού», «Η ρητορική των ερειπίων», «Υπαινικτικά πορτρέτα» είναι ανάμεσα στα πολλά δημοσιεύματα και στα βιβλία του που ξεχωρίζουν.
Ο κ. Μεταξάς δεν έχει ασχοληθεί μόνο με την επιστήμη και τα πολιτικά συστήματα, αλλά και με την ποίηση. Ως πρόεδρος του Αρχείου Καβάφη του Ιδρύματος Ωνάση, είχε αναφερθεί σε κινήσεις διάδοσης του έργου του ποιητή που γίνονται στο Ευρωκοινοβούλιο στις Βρυξέλλες, στη Βουλγαρία, στα Τίρανα και στη Νέα Υόρκη.
«Μας ενδιαφέρει να σεβαστούμε τον Καβάφη στην καθολικότητά του, που αποτελείται από το μυαλό του, το σώμα του, την ύπαρξή του, την ιστορία του, την ίδια την εποχή του», είχε δηλώσει χαρακτηριστικά σε παλαιότερη ομιλία του.
Σημαντικό ρόλο στη διαμόρφωση του γλωσσικού προσανατολισμού του κ. Μεταξά διαδραμάτισαν, μεταξύ άλλων, ο Γεώργιος Βιζυηνός και ο Αλέξανδρος Παπαδιαμάντης.
«Ο πολιτικός λόγος θέλει άμεσο αποτέλεσμα για να αποδώσει, ο λόγος της τέχνης έχει άλλον χώρο στον χρόνο. Η μικρή πολιτική θέλει μικρό χρόνο. Η μεγάλη πολιτική… αυτή ίσως να αγγίζει λίγο τον χρόνο της τέχνης», είχε δηλώσει ο πολιτικό επιστήμονας σε συνέντευξή του στο Βήμα.
Σημείωση: Ο Γιάννης Μεταξάς είναι ενεργό μέλος της Κεφαλληνιακής Αδελφότητας Αθηνών.
